به دلیل استفاده از واژه توهین‌آمیز «دوجنسه» که در زبان ما برای افراد ترنس‌جندر و اینترسکس استفاده می‌شده، افراد ترنس و اینترسکس از نگاه عمومی در یک گروه قرار داده می‌شوند. در صورتی که ترنس‌جندر یا ترنس به افرادی گفته می‌شود که جنسیت نسبت داده شده به آن‌ها در بدو‌تولد بر اساس ظاهر اندام جنسی با هویت جنسیتی که خود را با آن تعریف می‌کنند، در تضاد است؛ اما اندام جنسی و خصوصیات اولیه و ثانویه افراد اینترسکس با دوگانه جسمی نسبت داده شده به زنان و مردان متفاوت بوده و در این دوگانه جای نمی‌گیرد و وضعیت‌های متنوعی را شامل می‌شود. اینترسکس یا بینا‌جنسی بودن بسیار متداول بوده و درصدی از نوزادانی که متولد می‌شوند، اینترسکس به دنیا می‌آیند و آمار کمی را شامل نمی‌شود. هستند افراد اینترسکس زیادی که تا سنین نوجوانی و بلوغ و یا حتی تا پایان عمر متوجه این وضعیت نشده و به این دلیل آمار افراد اینترسکس می‌تواند بیشتر از آن چیزی باشد که تخمین زده می‌شود.
افراد اینترسکس یا بینا‌جنسی در جوامع مختلف با مشکلات بسیاری روبه‌رو شده و مورد ظلم، تبعیض و خشونت قرار می‌گیرند، به این دلیل که تا به امروز نسبت دیگر گرایش‌های جنسی و یا هویت‌های جنسیتی، درباره افراد اینترسکس کمتر صحبت و اطلاع‌رسانی شده است.
یکی از مشکلات این افراد همان تشابه اینترسکس‌ها با افراد ترنس و قرار گرفتن آن‌ها در یک گروه است و زمانی که در مورد افراد ترنس بسیار صحبت و به آن‌ها پرداخته می‌شود، افراد اینترسکس و مسائل آن‌ها نادیده گرفته می‌شود.
مسئله دیگر شرم و تابوی حرف زدن درباره مسائل جنسی، جنسیتی، سکس و اندام جنسی است و همین موضوع باعث می‌شود که کمتر به افراد اینترسکس پرداخته شود.
تشخیص دیرهنگام یکی دیگر از مشکلاتی است که افراد اینترسکس با آن مواجه هستند. در مواردی که اینترسکس بودن فرد آشکار و از بدو تولد قابل تشخیص باشد، پزشک و خانواده متوجه این موضوع می‌شوند، اما در مواردی که این تفاوت‌ها نهفته باشد تا زمان بلوغ یا حتی بعد از آن نیز قابل تشخیص نبوده و خود فرد و اطرافیان فرد متوجه این موضوع نمی‌شوند.
جراحی اجباری یا درمان هورمونی و یا به اصطلاح مداخله‌های پزشکی غیرضروری و ناخواسته یکی دیگر از مشکلات افراد اینترسکس در سنین پایین است که معمولا به تصمیم پزشک و خانواده انجام شده و‌ممکن است تبعات بسیار بدی را برای فرد در آینده به همراه داشته باشد و حق اختیار فرد بر بدن خود را از او می‌گیرد.
رابطه جنسی افراد اینترسکس موضوع دیگری است که این افراد را با مشکل مواجه می‌کند. شرم صحبت کردن از سکس با شریک عاطفی و جنسی و عدم اعتماد به نفس از بیان این موضوع، این افراد را دچار وضعیتی می‌کند که روابط جنسی و عاطفی موفقی نداشته و یا اینکه به دنبال برقراری یک رابطه سالم که در آن مورد قبول و پذیرش هستند، نباشند. متاسفانه طبیعی و عادی دانستن دوگانه جنس و جنسیت زن و مرد و‌روابط جنسی بین آن‌ها، افراد و گروه‌های دیگر را به حاشیه رانده و‌مورد تبعیض قرار می‌دهد.
طرد شدن از خانواده و جامعه نیز از دیگر مشکلات این افراد بوده که آن‌ها را با مشکلات اجتماعی و اقتصادی بسیاری روبه‌رو کرده است. بسیاری از این افراد مجبور به روی آوردن به کارگری جنسی هستند که در آن محیط نیز با خشونت‌های بسیاری روبه‌رو می‌شوند.